Кишечная палочка (Escherichia coli) является самым первым санитарно-показательным микроорганизмом, используют эту бактерию в качестве показателя фекального загрязнения воды.

E.coli имеют высокомолекулярный термолабильный токсин, который действует аналогично холерному, вызывая холероподобную диарею (гастроэнтериты у детей младшего возраста, диарею путешественников и др.)

Наличие фекальных стрептококков/ энтерококков свидетельствует о фекальном загрязнении. Фекальные стрептококки, как правило, дольше сохраняются в окружающей среде, чем термотолерантные или тотальные колиформы, и обладают высокой устойчивостью к высыханию. Таким образом, можно выделить фекальные стрептококки из воды, которая содержит небольшое количество или не содержит термоустойчивых кишечных палочек, например, когда источник загрязнения удален во времени или пространстве от точки отбора проб.

Колифаги - это микробные индикаторы, которые могут использоваться для мониторинга потенциального загрязнения питьевой воды фекалиями. Колифаги представляют собой вирусные структуры и, по сравнению с бактериальными показателями, более устойчивы к дезинфекции и распространяются на большие расстояния от источников загрязнения. Таким образом, присутствие колифага может служить лучшим показателем качества грунтовых вод.

К бактериальным возбудителям относятся представители родов Salmonella, Shigella, патогенные штаммы Escherichia coli, Campylobacter и пр. Практически все возбудители кишечных инфекций чрезвычайно живучи. Они способы подолгу существовать в воде, почве и на различных предметах (ложках, тарелках, дверных ручках и мебели).

Цисты паразитов, таких как Entamoeba histolytica или Balantidium coli часто сопротивляются хлорированию и поэтому могут вызывать переносимые водой вспышки дизентерийных заболеваний. Личинки гельминтов могут плавать в воде или же прикрепляться к водорослям – в этом случае заражение происходит во время питья зараженной личинками сырой воды, обработки этой водой овощей, фруктов и посуды, употребления в пищу инфицированных водяных растений.